En la penitenciaría Regional de Pedro Juan Caballero se instaló el Sistema de Identificación Automática por Huellas Dactilares (AFIS, por sus siglas en inglés), el innovador proceso evita que ingresen al sistema penitenciario personas sin identificación, homonimia o suplantación de nombre.

La utilización del moderno sistema de bases de datos permite la identificación de las personas mediante la identificación dactiloscópica. En numerosas ocasiones en el sistema penitenciario ayudó a evitar casos de homonimia o errores de identidad con las personas privadas de libertad.

Actualmente, el sistema de identificación ya funciona en las penitenciarías de Coronel Oviedo, Ciudad del Este.

AFIS es un software adquirido para la Policía Nacional, fue instalado en la Penitenciaria gracias a un convenio de cooperación interinstitucional entre el Ministerio de Justicia y el Ministerio del Interior.